O que é Canonical
Canonical é a marcação que indica qual é a versão oficial de uma página quando existem endereços parecidos, como com e sem parâmetro de campanha.
Na prática
Resolve conteúdo duplicado sem apagar nada: você concentra o sinal num endereço só. É especialmente necessário em e-commerce, onde filtro e ordenação criam dezenas de variações da mesma vitrine.
Um caso real
Uma loja tinha a mesma camiseta acessível por quatro endereços diferentes por causa de filtros de cor e de ordenação. O buscador escolhia um deles por conta própria, quase sempre o com parâmetro de campanha. Ao apontar a canônica pra versão limpa, as quatro versões passaram a somar força num endereço só.
O erro mais comum
Apontar todas as páginas para a home. É um erro comum em migração mal configurada e faz o buscador ignorar o site inteiro além da página inicial. A canônica indica a versão oficial daquele conteúdo, não a página mais importante do site.
De onde vem
O elemento foi proposto em 2009 num acordo entre Google, Yahoo e Microsoft pra resolver o problema de conteúdo duplicado gerado por parâmetros de URL, que já naquela época consumia rastreamento e diluía sinais entre endereços iguais.